شورای ملی مقاومت ایران که در پاریس مستقر است و به طور گسترده از قویترین مخالفان رژیم محسوب میگردد که به جدایی دین از مذهب معتقد است، دلیلی برای خوشنودی از انتخاب روحانی نمی‌بیند.
مریم رجوی طی بیانیه یی گفت: سخن گفتن از یک رئیس جمهور میانه رو در رژیم مذهبی فاشیستی حاکم بر ایران، در حالیکه قدرت و اهرمهای کلیدی در کنترل ولی فقیه است، چیزی به جز فریب نیست.  
خبرگزاری فرانسه خاطرنشان کرد ممکن است روحانی میانه رو تر نسبت به احمدی نژاد میانه روز تر به نظر برسد اما قسمت اعظم قدرت سیاسی در دست ولی فقیه رژیم آیت ا...علی خامنه ای است.
رجوی گفت در سه دهه گذشته، روحانی مهره درونی رژیم و یک شخصیت کلیدی در سیستم نظامی، امنیتی و اطلاعاتی رژیم بود.
رجوی با اشاره به برنامه هسته یی رژیم ایران، حمایت از رئیس جمهور سوریه بشار اسد و نفوذ در کشورهای همسایه سوریه گفت: "رژیم ایران یکبار دیگر سعی میکند جامعه بین المللی را با دستآویز رئیس جمهور جدید فریب دهد و برای پروژه های خطرناک خود زمان بخرد“.