رفسنجانی با انتشار گفته یی از خمینی باموضعگیری خامنه ای که وقف دانشگاه آزاد را منتفی کرد، به مقابله پرداخت.
جهان نیوز 20 مهر نوشت: رفسنجانی، ساعاتی پس از انتشار نامه خامنه ای در باره منتفی کردن وقف آن، نقل قول پیشین خود در دیدار با خمینی را منتشر کرد که گفته بود خمینی ضمن حمایت از تأسیس دانشگاه آزاد به عنوان یک مؤسسه خصوصی توسط رفسنجانی، مبلغ یک میلیون تومان هم به وی داده بود.
رفسنجانی در اول مهر امسال نیز در واکنش به احتمال منتفی شدن وقف دانشگاه تلاش کرد، خامنه ای را در مقابل عمل انجام شده قرار دهد و گفت: « اگر هم درنهایت از اموال دولتی باشد در هر صورت وقف کردهایم و فتوای رهبر انقلاب مبنی بر این مساله در شورای عالی انقلاب فرهنگی نیز خوانده شده است. امیدواریم کسی این جرات را به خود ندهد که این مجموعه را که سالهاست آموزش و تحقیقات کشور را تامین میکند و حتی میتواند کشور را اداره کند پس بگیرد.»
یک رسانه وابسته به باند ولی فقیه ارتجاع در مورد انتشار مجدد اظهارات پیشین رفسنجانی یک روز پس از حکم ولی فقیه ارتجاع نوشت: «به این ترتیب این سایت تلاش کرده مخالفت حضرت امام با دولتی شدن دانشگاه آزاد را به معنی موافقت ایشان با وقف جلوه دهد».
